Bằng cách sử dụng sự kết hợp của các lỗi trong Super Mario World, Yoshi có thể được đưa vào trận chiến cuối cùng, nơi mà nó có thể ăn Peach sau khi Bowser bị đánh bại. Khi Peach biến mất, đoạn kết sẽ không diễn ra, và Mario cùng Yoshi sẽ chỉ nhìn nhau mãi mãi.
Sự gia tăng dung lượng lưu trữ từ băng Nintendo 64 sang đĩa GameCube đã cho phép các nhà phát triển trở nên hào phóng một cách đáng kinh ngạc với dung lượng lưu trữ so với trước đây. Một cảnh cắt trong Super Mario Sunshine với một hình ảnh đơn lẻ mờ dần và hiện lên lớn hơn toàn bộ Super Mario 64.
