Super Mario Bros. 3 innehåller en bisarr "hämndlysten Thwomp"-bugg. Normalt, om en Thwomp träffas av en hammare, dör den bara. Men om en diagonal Thwomp träffas i den översta positionen, kommer den att göra ett hopp efter att ha dött bara för att få in en sista hämndattack.

Genom att använda en kombination av buggar i Super Mario World kan Yoshi tas med i slutstriden, där han kan äta Peach efter Bowsers nederlag. Med Peach borta kommer slutet inte att spelas, och Mario och Yoshi kommer bara att stirra på varandra för alltid.

Hoppet i lagringskapacitet från Nintendo 64-kassetter till GameCube-skivor gjorde att utvecklarna kunde vara förvånansvärt generösa med lagringsutrymmet i jämförelse. En Super Mario Sunshine-mellansekvens med en enda bild som tonar in och ut är större än hela Super Mario 64.