Menggunakan kombinasi gangguan di Super Mario World, Yoshi dapat dibawa ke pertempuran terakhir, di mana dia bisa memakan Peach setelah kekalahan Bowser. Dengan perginya Persik, akhir cerita tidak akan dimainkan, dan Mario dan Yoshi hanya akan saling menatap selamanya.
Lonjakan kapasitas penyimpanan dari kartrid Nintendo 64 ke cakram GameCube memungkinkan pengembang untuk sangat murah hati dengan penyimpanan sebagai perbandingan. Cutscene Super Mario Sunshine dari satu gambar yang memudar masuk dan keluar lebih besar dari keseluruhan Super Mario 64.
